I 1197 fik bisp Peder Vognsen pavens skriftlige tilladelse til at erstatte domkirken af træ med en af sten. Da Peder Vognsen døde i 1204, var domkirkebyggeriet efter alt at dømme nået så langt, at han kunne begraves foran alteret i koret.

Da byggeriet afsluttedes omkring 1350, stod kirken ufuldendt. For de efterfølgende bisper var det derfor magtpåliggende at skaffe midler til at bygge domkirken færdig. Forvandlingen af den lave senromanske kirke til en 93 meter lang gotisk, blytækket kirke fuldendtes med det store kor med 13 høje, slanke vinduer.